Sekolah Kebangsaan Perempuan Methodist 2,Melaka telah memulakan detik sejarah pembukaannya pada awal Januari 1965. Dua buah bilik darjah yang terdiri daripada 100 murid Darjah Satu telah diwujudkan .Oleh kerana bangunan sekolah masih lagi belum wujud lagi maka berhampiran dengan Sekolah Kebangsaan Perempuan Methodist 1.Guru Besar yang pertamanya ialah Puan Ngooi Ee How Chin Fong.
Bermulanya dari tahun 1966,di mana ketika itu sekolah ini telah pun mempunyai dua aliran iaitu dua kelas Darjah Satu dan Darjah Dua telah berkongsi dengan bangunan SK(P)METHODIST 1 secara mengikuti giliran enam bulan petang.Kemasukan murid-murid baru terus diterima sehingga wujudnya aliran Darjah Satu hingga Darjah Enam pada tahun 1970.Pada tahun 1967,Pengarah Pelajaran Melaka telah memeritahu Guru Besar ketika itu, Puan Ngooi Ee How tentang rancangan kerajaan. Membina sebuah bangunan baru untuk bangunan sekolah ini sekiranya pihak sekolah dapat menyediakan 50% daripada kos perbelanjaan binaan.
Pada tahun 1974 , buat pertama kalinya Mesyuarat Agung PIBG Kali Pertama . Mesyuarat ini diketuai oleh Tuan Haji Ahmad Hassan . Tuan Haji Ahmad Hassan menjadi pengerusi PIBG di SK(P)M2 selama 6 tahun. Beliau menjadi Pengerusi PIBG pada tahun 1973 hingga 1980 .